1. ماجستير في الفقه الإسلامي
2. ماجستير في أصول الفقه
3. ماجستير في الحديث وعلومه
4. ماجستير في التربية (المناهج وطرق التدريس)
5. ماجستير في اللغة العربية
وأن الدفعة الأولى من هذه البرامج قد بدأت بصورة متتالية تناقش رسائلها العلمية كمتطلبات الحصول على الماجسيتر، وأن الجامعة عقدت خلال أبريل الجاري جلسات مناقشة علنية لرسائل الماجستير في الفقه الإسلامي، والحديث وعلومه بحضور جمع غفير من إدارة الجامعة والأساتذة والطلاب والضيوف الكرام،
وقدمت هذه الرسائل من طلاب الدراسات العليا في الجامعة وهم:
1.على عبد الرحمن طبلاوى، بعنوان " رخص السفر في الصلاة" ( دراسة فقهية مقارنة)
2.عبدالرشيد يوسف عبد الله، بعنوان " دية النفس بين الفقه الإسلامي والعرف الصومالي"
3.بدر الدين الطيب عبد الصمد ، بعنوان "مسقطات الحدود والتعزير " ( دراسة فقهية مقارنة)
4.أنيسة على عبده ، بعنوان " منهاج التعامل مع السنة"
5.عبد الرحمن أبوبكر معلم على، بعنوان " العلة في الربويات " (دراسة فقهية مقارنة)
6. عبد الرحمن بركان " بعنوان " حسن الخلق في السنة النبوية".
وكانت لجان التحكيم والمناقشة تكونت من الأستاتذة الأفاضل؛ الأساتذة المشاركين والأساتذة المساعدين، وبعد الانتهاء من المناقشات
والمداولات لقد اتخذت اللجان قرارا بقبول الرسائل التي طرحت
للمناقشة مع اشتراط في إجراء تعديلات حسب الحاجة، ومنح الطلاب تقديراتهم
المستحقة.
والجدير بالذكر أن هذه الرسائل ليست الأولى التي نوقشت في الجامعة ولكن كانت هنالك رسائل علمية لحصول درجة الماجستير نوقشت بها من قبل.